Actualmente se fabrican dos versiones distintas de la Ninja 250R, mismas que son comercializadas en distintas partes del mundo. Dichas versiones comparten prácticamente todos sus componente, salvo algunas pequeñas diferencias.
 

La diferencia principal la encontramos en el sistema de alimentación del combustible, el cual en la versión americana se compone por dos carburadores Keihin CVK30, mientras que en la europea tiene un moderno sistema de inyección de combustible.
 

Por otra parte en la versión que se comercializa en el continente americano, encontramos el velocímetro en millas y con medidor del tanque de combustible; mientras que la versión europea el velocímetro marca en kilómetros y en lugar del medidor de combustible tiene el indicador de la temperatura del motor, para la gasolina sólo presenta un indicador luminoso que se enciende al entrar la reserva del tanque de gasolina.
 

En los colores de la Ninja 250R tambien encontramos un poco de diferencia, ya que en Europa sólo se comercializan en color Negro, el clásico Verde Kawa y apartir del 2009 la SE en color Verde Kawa y negro;  En América se venden en Verde Kawa, Negro, Roja, Azul y apartir del 2009 la SE en Verde Kawa y Negro.

Recientemente se anunció que para Europa estará disponible la Ninja 250R en color Azul. Y para Japón una nueva versión en negro con rojo.

Por último podemos mencionar que la versión europea no tiene catadriópticos laterales, mientras que la versión americana si cuenta con ellos.